L’histoire de sa fondation remonte à l’an 1083 quand l’évêque de Genève, Guy de Faucigny, offre à Cluny « l’église Sainte Marie sise en une localité dite Contamine, avec tous ses biens annexés : serfs des deux sexes, les chapelles et églises, vignes, champs, prés, bois, eaux, canaux, moulins, passages, terrains cultivés… »
Les moines construisent d’abord un petit monastère attenant à l’église et une communauté s’y installe, comme le mentionne une bulle du pape Honorius II : « présence d’un monasterium », entre 1124 et 1130.
A la fin du 13e siècle l’église et le couvent, devenus le lieu de sépulture des seigneurs de Faucigny, sont reconstruits grâce à la grande Dauphine Beatrix de Faucigny, princesse de Savoie.
Les probables conseils de l’architecte savoyard Jacques de Saint Georges, spécialiste dans la construction de forteresses, lui donnent ces baies particulières.
Après une période faste de 200 ans, le prieuré vit une lente dégradation politique et économique. Au 15e siècle il connaitra deux incendies et sera reconstruit. Au 16eme siècle ce seront les guerres qui l’affecteront. En particulier en 1589 les genevois et bernois envoyés par le roi de France qui détruiront l’église, le couvent, cloitre, cure…
Le saccage est tel que le prieuré clunisien ne s’en relèvera pas.
Il faudra attendre l’arrivée de l’ordre religieux des Barnabites, moines prêcheurs et enseignants, pour que l’église et les bâtiments conventuels soient reconstruits ou colmatés.
Début 17eme siècle, l’église est placée sous le patronage de Sainte Foy.
En 1793 les barnabites furent chassés et le prieuré vendu comme bien national.
En 1803 l’église est rendue au culte paroissial.
De 1847 à 1905 les rédemptoristes s’installent à Contamine.
Le prieuré a été un facteur essentiel pour le développement de Contamine. Les clunisiens vont exercer une grande influence spirituelle et morale dans tout le Faucigny.
Depuis 1909 l’église est inscrite au registre des Monuments Historiques.